かつて大きな戦いが天界魔界世界を巻き込んで行われた。

この戦いにより多くの超常体が傷つき、力を失った。
神々は次の戦いに備え、その力を『百の剣』として温存することとなる。

だが、この神々に属さぬ者達がいた。
【旧支配者】と呼ばれる異形の存在。

彼らは今、永い間眠りについているが
地上界の【旧支配者】の信者たちが、奴らを復活させるべく動き出す。

【旧支配者】が目覚めれば、大海に沈んだかつての拠点が浮上する。
そうなれば地球の大規模な地殻変動は避けられない。

それを察知したのが大地の女神ガイアだった。
ガイアは地上の荒廃を避けるため、【旧支配者】の復活を阻止しようと考えた。

そして、その役目を任されたのがこの物語の主人公『ヘカトンケイル三兄弟』。

【旧支配者】は『百の剣』に呪いをかけ、その姿を無力な女の子に変化させてしまった。

彼らとその信奉者は『百の剣』の力を使って【旧支配者】の完全復活を目論んでいる。

それを防ぐため『百の剣』である女の子達を探し、性交渉により、
彼女たちの力を復活させ守るのが三兄弟の使命なのだ。

だが、不仲な三兄弟のことを危ぶんだガイアは人間一人の体に三人の心を入れ込み
途中で任務を放棄できないようにしてしまう。

かくしてヘカトンケイル三兄弟の奇妙な冒険は幕を開けたのだった。